微波殺菌是微波加熱技術功能的延伸，表現為微波與生物體及其組成的基本單元——細胞之間相互作用后，生物體的細胞生理活動變化和反應，與巴氏加熱殺菌法比較，微波殺菌有以下顯著特點：A、微波殺菌是一種物理殺菌方法，它不需要添加化學防腐劑就能夠殺滅細菌、黴菌和虫卵，以及病毒等有害人體的微生物，它在殺滅有害微生物過程中，不會對食品殘留毒性或放射性物質的污染，安全無害。也不會改變食品的色香味和營養成分。B、在同樣殺菌溫度下，所需殺菌時間短，不需要預熱。如大腸桿菌殺滅時間約30S。在相同殺菌條件下，菌 的溫度比較低，且殺菌效果極為顯著。C、能同時對被殺菌物料表裡實施整體殺菌，極大地縮短殺菌週期，並保証殺菌一致性。D、由於物料各部位殺菌的同時性，殺菌時間短，能避免因長時間的加熱影響食品品質，特別是對不宜在較高溫度或較長加熱時間情況下進行殺菌的食品。例如：易揮發香辛成分的姜粉、含水分較多的鮮嫩海蟄等。對於既要保持色澤、香味和口感不變等質量要求又需殺菌的物料，使用微波殺菌可取得 效果。E、微波殺菌可分為包裝后殺菌和包裝前殺菌。包裝容器不能用金屬質地的，需用介質材料，一般用塑料軟包裝或玻璃，工程塑料質地容器為宜。為防止在微波殺菌過程中漲袋，設備可在工作倉內施加壓力採用反壓殺菌工藝，可防止漲袋損失。
微波設備可對已包裝、未包裝的不同物品進行滅菌加工處理可用於：●糧食制品類：麵包、月餅、麵條、豆腐、豆腐乾等。●蔬菜類：泡菜、竹筍、香菇類等。●水果類：荔枝、龍眼等。●奶制品、調味品、香精香料、方便面湯料、火鍋調料及各種液體等均可殺菌加工。
現微波加熱殺菌技術已擴展到製造工業生產用的工業微波加熱設備，以滿足諸如食品加工行業的食品烹調與加工，殺菌保鮮需要；還有橡膠硫化、再生膠脫硫；紡織品染色固色；化纖產品定型、乾燥脫水；皮草、紙張及化妝品的乾燥、殺菌；膠卷等塗層的乾燥脫水；煙葉焙烤；中成藥材或制品的乾燥殺菌；砂型坯模固化乾燥、石墨材料、陶瓷的加熱等行業需要。
許多企業採用微波乾燥、滅菌新技術，已經產生了良好的社會經濟效益，更多的企業亦將採用微波設備，這一良好的趨勢必將促進我國食品、製藥、化工等行業的發展。
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